В целях проведения фундаментальных и научно-практических исследований Центр сотрудничает с Синьцзянским институтом экологии и географии Китайской академии наук, Синьцзянским центром исследований минеральных ресурсов, Научно-исследовательским институтом Тибетского плато, Сианьским институтом окружающая среды Земли, Институт дистанционного зондирования и цифровой Земли, Шэньчжэньский институт передовых технологий а также с Центральноазиатскими центрами экологии и окружающей среды (Алма-Ато, Бишкек). В ближайшее время Центр планирует наладит плодотворное научное сотрудничество с центрами и университетами развитых стран (России, США, Англии, Германии, Франции, Японии, Ирана и др.).